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主人公は列車の中で目を覚ました。

​自分の名前と、学園に通うという目的以外の記憶を無くして。

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マッコウクジラのレイヴァンに案内され、主人公は正式に水中学園1876の生徒となる。

平凡な学園生活の筈が……？